荏柄天神社は、古くは荏柄山天満宮とも称され、福岡の太宰府天満宮、京都の北野天満宮と並ぶ三天神の一つに数えられる古来の名社で、愛知県に二社、広島県に一社、茨城の古河市を中心に千葉、埼玉の各県にわたって数社の分祠がある。
荏柄の社号は、奈良時代の天平七年（七三五）の『相模国封戸租交易帳』（『正倉院文書』）や『倭名類聚抄』の相模国鎌倉郡にみえる「荏草郷」の「エガヤ」がのちに転じて「エガラ」となり、「荏柄」と表記されたものと考えられる。
創祀については、社蔵の『相州鎌倉荏柄山天満宮略縁起』によると、平安末期の長治元年（一一〇四）八月二十五日に、一天俄かにかきくもり、雷雨と共に黒袍の束帯すがたの天神画像が天降り、里人がこの神験をおそれ降臨の地に社殿を建ててその画像を納め崇拝し、銀杏の木を植え神木としたとある。境内には今も銀杏の大木が高くそびえている。
治承四年（一一八〇）鎌倉へ入った源頼朝は、大蔵の地に居館を営み幕府を開くが当社を鬼門の守護神と仰いだという。歴代の将軍家を始め幕府の崇敬社であった。『吾妻鏡』にはしばしば当社の記事がみえる。
建仁二年（一二〇二）九月十一日、将軍頼家は当社の祭に大江広元を奉幣使として派遣しているが、この祭典は御祭神菅原道真公の御神忌三百年祭であった。
また、建保元年（一二一三）二月二十五日、渋河兼守が冤罪を訴えて当社に献じた和歌十首が源實朝の知るところとなって、罪を許された話は有名で、「兼守虚名を愁へ篇什を奉りて、すでに天神の利生に預り、また将軍の恩化を蒙る。およそ鬼神を感ぜしむる、ただ和歌にあるものか。」と評しており、天神信仰の一端を示し和歌の徳を語るものである。
『鎌倉年中行事』によると、室町期には鎌倉公方は毎年正月二十三日、二十五日に参詣し、千句の催しがあったこと、また二月二十三日より二十五日まで参籠するのを慣例としていた。
康正元年（一四五五）六月十六日、今川範忠は公方足利成氏を攻めて鎌倉へ入り、社壇は破られ神体は駿河国へ持ち去られたが、その後に神体は自ら当社へ戻られたという。『鎌倉大日記』はこの神体を天神自筆の画像と伝える。
天文十七年（一五四八）、小田原城主北条氏康は、社殿造営のため金沢道に関所を設け通行の人馬から関銭を徴収してこれに充てた。今もその地に「関取場跡」がある。『小田原衆所領役帳』に荏柄天神領「廿一貫百文鎌倉社地之内」とみえる。
天正十八年（一五九〇）四月に、豊臣秀吉より二階堂郷中の六ケ所の一つとして禁制をうけ、同十九年、徳川家康は「小坂郡鎌倉之内」より十九貫二百文の地を寄進し近世に至った。
平成十七年七月十四日に境内は国指定史跡に、本殿は国指定重要文化財に指定されており、元和八年(一六二二)に始まる鶴岡八幡宮の造営に際し、若宮の社殿（鎌倉時代末の建築）を当社へ移築したのが、現在の本殿と考えられている。以来鶴岡八幡宮の造営の際に、その古村、残材をもって当社を修営することが慣例となった。明治維新の神仏分離まで別当一乗院（古義真言宗）が当社を管掌し社地下の参道東側の地にあったが、現在は住宅地に変わっている。
明治六年に二階堂村の鎮守として村内の熊野社を合祀し、村社に加列。社宝として、弘長元年（一二六一）銘の木造天神坐像及び木造天神立像（重文）ほか多数存するが、世に知られている「荏柄天神縁起」や「庖丁正宗」も、もと当社に伝来したものであった。境内には、漫画家の清水崑氏が、鎌倉在住以来の神縁を感謝し、自ら愛用した絵筆を納めた「かっぱ筆塚」がある。表には清水崑氏の河童の絵、裏には川端康成氏の『かっぱ筆塚』の題字が刻されている。また、漫画家の横山隆一氏が中心となり、漫画家一五四名のかっぱ絵をレリーフした、筆型で高さ三メートル二十センチ、直径一メートル、重さ八百キログラムの青銅製「絵筆塚」が、かっぱ筆塚の後方にある。毎年十月中旬には、絵筆供養のための「絵筆塚祭」が漫画家多数参列のもと執り行われ、参道に掲揚されるプロの漫画家渾亳の漫画絵行灯や、同じく漫画家による似顔絵コーナーなど参拝者の賑わいが絶えない。
