「新編相模風土記稿」に「夷堂橋は小町と大町との境にあり。…昔は此辺に夷三郎社ありしとなり」とある。此の附近一帯の産土神、地主神として里人深く信仰していたが、永享年中、本覚寺が創建されるに及び、同寺境内に移され山内の鎮守として奉斎された。
明治維新の神仏分離により同寺の管理を離れ、現在の社地にあった下部落の鎮守七面大明神に合祀された。
また宝戒寺内にあった上部落の鎮守山王権現も合祀して、三社を合わせ社名を蛭子神社と改称した。
明治六年村社に列格され、明治七年八月社殿を新築した。本殿はそのとき鶴岡八幡宮の末社今宮の社殿を譲り受け移築したものである。昭和九年参拝殿を新築。昭和十五年神饌幣帛料供進神社に指定された。
