古来、私たち日本人は山や木、川、岩などに神さまが宿られると考えていました。驚異的な力を示す存在や現象をすべて神として崇めてきました。やがて神社が創建されるようになり、その頃のご祭神は、地名や神社名に「神」をつけた「○○神」といった名前で、「その土地や神社に現れた神」として認識されていたようです。これらの神さまは、人格的な性質よりむしろ自然を象徴する側面が強かったのです。

奈良時代の８世紀に成立した「古事記」「日本書紀」や、日本最古の和歌集「万葉集」、地域の風土を記録編纂（へんさん）した「風土記」などに遡（さかのぼ）っても、伊勢の神宮などの限られた神社以外、ほとんどの神社は具体的な御祭神名が明らかにされていませんでした。 それが10世紀を過ぎた頃になると、「古事記」や「日本書紀」に出てくる神さまの名前がさまざまな文献に見られるようになっていきました。また、全国的に有名な神さまをお遷しする例も多く出てきました。こうして長い年月をかけて、神社ごとに人格的な名前をもつ御祭神が定まっていったのです。ですから、神社にはそれぞれに歴史があり、同じ名称の御祭神であっても、1つとして同じ神社は無いのです。

神社を氏神（うじがみ）さま、産土（うぶすな）さま、鎮守さまと呼ぶこともあります。氏神さまは、もともと同じ氏族が共同でまつった祖先神または守護神のことです。産土さまは人々が生まれ育った土地の守護神です。鎮守さまは国や地域など一定の区域・場所を守護する神のことをいいます。しかし、時代の変遷とともに、氏神さま、産土さま、鎮守さまはもともとの意味は違っているが、今では混同してしまい、同じ意味で使われるようになりました。

そして自分が生まれ育った土地や、現在、暮らしているところに鎮座する神社とは別に、個人的な信仰によって崇敬する神社を崇敬神社といいます。由緒や地理的な事情により氏子を持たない神社もあり、そうした神社では崇敬会などの組織が設けられていることもあります。氏神さまと崇敬神社には以上のような違いがありますが、１人の方が両者を共に信仰・崇敬しても差し支えはありません。